Ketiga-tiga spesies orang utan adalah ahli yang tinggal dalam subkeluarga Ponginae. Subkeluarga ini juga merangkumi genus-genus pupus yang berikut: Lufengpithecus yang pernah hidup di China dan Thailand 2–8 jtd, dan Sivapithecus yang pernah hidup di India dan Pakistan 12.5–8.5 jtd. Mawas-mawas ini barangkali hidup di persekitaran yang lebih kering dan nyaman daripada orang utan sekarang. Khoratpithecus piriyai yang pernah hidup di Thailand 5–7 jta, dipercayai merupakan saudara terdekat orang utan. Primat terbesar yang dikenali, Gigantopithecus, juga ahli Ponginae yang hidup di China, India dan Vietnam dari 5 jtd hingga 100,000 tahun dahulu.[11]:50

Dalam superkeluarga Hominoidea, ungka berpecah pada awal Miosen (dari 19.7 hingga 24.1 jtd, menurut bukti molekul) dan orang utan pula berpecah dari salasilah mawas besar Afrika dalam 15.7 hingga 19.3 jtd.[12](Fig. 4)

Sejarah taksonomi orang utan

Orang utan mula-mula dihuraikan secara saintifik pada 1760 dalam Systema Naturae oleh Linnaeus sebagai Simia satyrus.[15] Populasi di kedua-dua pulau digolongkan sebagai spesies berasingan apabila P. abelii dihuraikan oleh Lesson pada 1827.[16] Kemudian P. abelii terletak di bawah P. pygmaeus, mula-mula sebagai sinonim, kemudian pada 1985 sebagai subspesies.[17] Pada 1996, P. abelii dikembalikan ke taraf spesies,[18][19]:53 dan tiga populasi berbeza di Borneo ditingkatkan kepada subspesies. Populasi yang kini tersenarai sebagai P. p. wurmbii mungkin lebih dekat kepada orang utan Sumatera daripada lain-lain spesies orang utan Borneo. Jika disahkan, abelii akan dijadikan subspesies bagi P. wurmbii (Tiedeman, 1808).[20]

Walau apapun, tempat jenis P. pygmaeus belum ditentusahkan sepenuhnya dan mungkin daripada populasi yang kini digelar P. wurmbii (jika begitu maka P. wurmbii akan jadi sinonim junior bagi P. pygmaeus, sementara salah satu nama yang kini dianggap sinonim junior bagi P. pygmaeus akan mengambil keutamaan untuk takson Borneo barat laut).[20] Mengelirukan lagi, nama P. morio di samping juga beberapa sinonim junior yang diusulkan[21] mungkin jadi sinonim junior bagi subspesies P. pygmaeus, maka populasi Borneo timur tertinggal tanpa nama.[20]

Tahun 2017 cukup menggemparkan dengan terhurainya spesies ketiga, P. tapanuliensis, dari Sumatera di selatan Tasik Toba yang lebih rapat dengan spesies Borneo, P. pygmaeus daripada spesies jiran Sumatera, P. abelii.[22]

Rekod fosil

Beberapa fosil yang diperikan di bawah nama P. hooijeri telah ditemui di Vietnam, dan banyak subspesies fosil telah diperikan di beberapa tempat di Asia Tenggara. Tidak diketahui sama ada ia milik P. pygmaeus atau P. abelii mahupun spesies yang berbeza sekali.[23]

Genomik

Genom orang utan Sumatera telah dijujukkan pada Januari 2011.[24][25] Selepas manusia dan cimpanzi, orang utan Sumatera menjadi spesies mawas ketiga yang dijujukkan genomnya, kemudian diikuti pula oleh spesies Borneo. Kepelbagaian genetik didapati lebih rendah dalam orang utan Borneo (P. pygmaeus) daripada spesies Sumatera (P. abelii) biarpun jumlah spesies Borneo enam ke tujuh kali ganda banyaknya spesies Sumatra.[25]

Perbandingan ini menunjukkan bahawa kedua-dua spesies ini bercapah kira-kira 400,000 tahun dahulu, lebih lewat daripada yang disangka dahulu. Malahan genom orang utan didapati berevolusi lebih perlahan daripada DNA cimpanzi dan manusia.[25] Sebelum ini, orang utan disangka bercapah 2.9–4.9 jtd.[26](Fig. 4) Para penyelidik berharap agar data ini dapat menolong penggiat pemuliharaan untuk menyelamatkan mawas yang terancam di samping juga berguna untuk mendalamkan lagi kefahaman terhadap penyakit genetik manusia.[25] Orang utan Borneo mempunyai 48 kromosom diploid.[27]

Akan tetapi, perbandingan jujukan nukleus DNA dari tahun 2017 menunjukkan bahawa orang utan Tapanuli bercapah dari orang utan Sumatera kira-kira 3.4 juta tahun dahulu,[28][29] dan daripada orang utan Borneo jauh lebih lewat iaitu sekitar 670,000 tahun dahulu.[28] Orang utan berpindah dari Sumatera ke Borneo kerana pulau-pulau ini pernah terhubung oleh jambatan darat sebagai anggota Sundaland ketika zaman glasier resen apabila paras laut jauh lebih rendah. Taburan kini orang utan Tapanuli disangka dekat dengan tempat di mana orang utan leluhur mula-mula memasuki bumi Indonesia kini dari tanah besar Asia.[28]